เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อโลกเผชิญหน้ากับการคุกคามจากองค์กร Cobra, กลุ่มผู้ก่อการร้ายที่มีความลับและมีอำนาจในการผลิตอาวุธที่น่าสะพรึงกลัว กลุ่ม G.I. Joe ซึ่งเป็นหน่วยงานทหารพิเศษของสหรัฐฯ ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อหยุดยั้งแผนการของ Cobra
Duke (รับบทโดย Channing Tatum) และ Ripcord (รับบทโดย Marlon Wayans) เป็นสมาชิกใหม่ของทีม G.I. Joe ที่เข้าร่วมกับนักรบผู้มีชื่อเสียงอย่าง Snake Eyes (รับบทโดย Ray Park), Scarlett (รับบทโดย Rachel Nichols), และ General Hawk (รับบทโดย Dennis Quaid) ในการต่อสู้กับ Destro (รับบทโดย Christopher Eccleston) และ Baroness (รับบทโดย Sienna Miller)
ในระหว่างการต่อสู้เพื่อหยุดยั้ง Cobra, G.I. Joe ต้องเผชิญกับความท้าทายและการทรยศที่ทำให้พวกเขาต้องร่วมมือกันอย่างใกล้ชิดเพื่อรักษาความสงบสุข
